Hola... Me parece que hay un par de cosas se podrían hacer distinto...

Si en vez de llevar el keyfile en un pen, lo llevas en un teléfono celular. El backup lo llevas en el mismo teléfono encriptado o lo dejas en la nube con dropbox..? una microsim de (2GB) no es cara, llevarías algo menos en el bolsillo y que cuando lo pierdas te darías cuenta mas rápido...

Creo que en vez de tener en papel los resguardos, quemaría un dvd y lo guardaría encriptado en una caja de seguridad en un banco, la casa de mi madre o le pediría a un amigo que lo ponga a resguardo..

Saludos y suerte..

Un pulso electromagnético de esos que sólo salen en las películas (¿alguno conoce un caso real?) no afectaría ni a un CD/DVD ni a una tarjeta de memoria. Tampoco debería afectar a un lápiz usb, que es memoria flash, pero quizá le estropearía el firmware con lo cual sería igualmente inaccesible.

La idea de rje1974 de grabar un DVD me parece correcta. También es interesante el guardar el backup en casa de un amigo. Tú guardas n MB de backup para él, y él otros tantos para ti, pudiendo sincronizarlos por internet. Los datos están más seguros que en otros servicios por internet, ya que al fichero sólo tenéis acceso tú y tu amigo (y él no tiene el keyfile). Si se te estropea el ordenador, vas en persona a casa de tu amigo y te da el fichero (podría hacerse también como un servicio por internet, lo más parecido que conozco es Freenet, pero tiene un enfoque distinto).

Otro sitio donde puedes guardar un pendrive o un DVD es en el coche. En caso de incendio tienes un pendrive en la guantera con los datos. O entre los CDs de música está el DVD.

Dado el nivel de seguridad con el que estamos tratando, no recomiendo almacenar el DVD y el keyfile juntos. Una ventaja del almacenamiento de la copia del keyfile es que como sólo necesitas acceder a ella en caso de catástrofe, puede estar en un lugar relativamente inaccesible (en el pueblo, en casa de alguien que vive en otra ciudad...) sin que ello te impida hacer copias de seguridad más recientes con la copia de tu ordenador (puede que no te importe ir todas las semanas con una nueva copia de seguridad a visitar a tu madre, pero seguramente no quieres tener que mandar cada nueva versión por correo).

A ello le puedes añadir esteganografía. Si grabas un CD mixto con el keyfile al final, aparenta ser sólo un CD de música (no mencionaríamos el keyfile en la etiqueta ;) lo que pasaría desapercibido cuando "los malos" registrasen la casa buscándolo.

Y siendo realmente retorcidos, el fichero (el keyfile, el disco, o lo que sea) podría estar encriptado usando de clave un CD de música verdadero. La clave sería el hash del disco completo, o de la quinta canción, o de las tres primeras...

Con la cantidad de CDs de música que tenemos todos hoy en día, a menos que el atacante sepa qué tomaste como la clave, averiguarla por prueba y error no sería mucho más fácil que romper el cifrado. Y el usar como clave un CD estampado tiene como ventaja que cualquier otra copia del mismo te serviría para descifrarlo, en caso de que el incendio quemase la tuya.

Por partes:

Yo cifraría el sistema operativo al completo ya que, aunque los archivos importantes estén cifrados, puede que cuando montes el sistema de archivos truecrypt y lo abras queden datos sensibles en la carpeta de temporales, en la de thumbnails, etc. Si quieres, puedes crear un volumen dentro del sistema cifrado y hacer copias de este en un pendrive como venías haciendo.

Respecto al keyfile, mi recomendación es que elijas un libro de tu biblioteca y una página y en un bloc de notas escribas el primer párrafo con unas reglas predefinidas si fuera necesario(p.ej. sin tabulaciones y las rayas largas son dos guiones) que memorices tú. De esta manera, puedes tener el keyfile disponible sin tener que subirlo a la red y, casi seguro, nadie será capaz de descifrar tu volumen con fuerza bruta.

Como dijo rje1974, dropbox.

Es lo que se me ocurre por ahora...