porque no es mala la idea, en el primer mensaje pasa lo mismo, paso a listar las repeticiones de ese tipo que aparecen, en orden, y con la posición en la que se encuentra:

Primer mensaje.
pos.3 : 'PQP'
pos.12: 'ABA'
pos.24: 'RKR'
pos.43: 'BIB'


Segundo mensaje.
pos.18: '_M_'
pos.30: 'FSF'
pos.36: 'QEQ'
pos.40: 'HIH'
pos.45: 'KXK'
pos.52. 'RUR'

¿Puede que sea una coincidencia? Hmmm.

Repito el análisis con el primer enigma, por probar:

Primer mensaje (el de ESTA ES LA CLAVE DEL MENSAJE).
No aparece el modelo.

Segundo mensaje (el de NO CORRAIS QUE ES PEOR).
pos.2 : 'CQC' (y caemos todos, guiño)
pos.6 : 'APA' 
pos.9 : 'BKB'

Resulta curioso ver como en el segundo mensaje, la frecuencia de aparición de estas tríadas se "duplica"; me encantaría pensar que hay alguna parte del algoritmo original que se ha ejecutado dos veces.

Lo único que no me encaja mucho es que no haya aparición del grupo en el primer mensaje.

Habría que analizar y determinar si la aparición de estas tríadas se debe a alguna propiedad del Trithemius, (supongo que el Tri no tiene nada que ver aunque sería bonito) o a alguna característica del primer algoritmo.

Yo hoy no me puedo dedicar a ello, y supongo que hasta dentro de un par de días tampoco, pero no creo que se deban pasar por alto estas coincidencias.

¿Qué longitud del mensaje crees que haría falta para poder realizar las estadísticas sobre caracteres?

de datos. He tenido tiempo para hacer un pequeño script para verificar las secuencias que cumplen la condición que dije antes:

import re

def reTest(msg):
  pat = re.compile('((.).\\2)')
  return [c for c, _ in pat.findall(msg)]

Las secuencias obtenidas son ['PQP', 'ABA', 'RKR', 'BIB'] para el primer mensaje y [' M ', 'FSF', 'QEQ', 'HIH', 'KXK', 'RUR'] para el segundo.

Espero que sea algo que nos acerque a la solución.

Pues no creas, que hay por ahí unos tipos que te escriben una rutinita de seis líneas en python y te destrozan a la criatura. Uno se esfuerza en retorcer el algrotimo y al final resulta que ha inventado el tres-en-raya. La idea es que sea irrompible, pero...

El tono de animador de tómbola era más bien debido al temor de que nadie tuviera ya interés en este asunto, que los retos a veces cansan.

...la distribución estadística de caracteres (que para estos mensajes tan cortos no la veo muy útil)
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me parece un poco "trampa"

Que conste que no hago trampas. Tú mismo te quejabas de que los mensajes eran cortos, y he tratado de satisfacerte. Para textos más largos aún, tendría que hacer un programa, porque las hojas se vuelven incómodas y puedo cometer un error.